Biochimie Mind Maps
 
 
 
 

Biochimie - Mind Maps

Il y a 3 mois par : Louise clément
 
 
  • Biochimie
    • Glucides
      • Représentation de Fischer (oses séries D&L) C:assymétriques!
        • C Chirale ds le plan de projection
        • Chaîne carbonée + longue verticale et en arrière
        • C le + oxydé en haut =C1
        • Groupements non carbonés en avant
        • Groupements carbonés en avant
      • Oses (monosacharides)
        • Aldoses
          • Glycéraldéhyde
          • Ribose (Rib)
          • Glucose (Glc)
          • Mannose (Man)
            • Épimère C2
          • Galactose (Gal)
            • Épimère C4
        • Cétoses
          • dihydroxyacétone
          • Fructose (Fru)
      • Représentation de Haworth (+Cram)
        • Cyclisation de la forme linéaire
          • Pyrane
          • Furane
      • Termes d'isomérie
        • Isomère de constitution
        • Stéréoisomère
          • Énantiomère
          • Diastéréoisomère
            • Amomère α / β
            • Épimère
      • Dérivés d'oses
        • 2-désoxyribose (ADN)
        • Glucosamine
          • Nh2 acétylé (remplace OH )
        • N-acétyglucosamine (GlnNac)
        • Acide sialique
      • Oligosacharides et polysacharides
        • Oligosaccharides
          • Maltose
            • Glc (α1→4) Glc
          • Lactose
            • Gal (β1→4) Glc
          • Saccharose
            • Glc (α1↔β2) Fru
          • Multitude de combinaisons!
            • isomaltose
              • Glc (α1→6) Glc
            • cellobiose
              • Glc (β1→4) Glc
            • tréhalose
              • Glc (α1→α1) Glc
        • Polysaccharides
          • Linéaires / Branchés
            • Homopolysaccharides
              • Suffixe -ane !!
            • Hetéropolysaccharides
          • Fonctions biologiques
            • Stockage
              • Amidon (végé.)
                • 2 glucanes
                  • amylose : polymère linéaire, liaisons (α1→4)
                  • > amylopectine : ramifié tous les ~ 30 résidus, liaisons (α1→4) et (α1→6)
              • Glycogène (anim.)
                • Glucane ramifié
                  • ramifications tous les 8-12 résidus => amylopectine
            • Structure
              • Cellulose (paroi végétale)
                • Glucane linéaire
                  • liaisons (β1→4)
              • Chitine (carapace arthropodes)
                • polymère linéaire de D-N-acétylglucosamines liés en (β1→4)
              • Glycosaminoglycanne (cartillages, tendons, humeur vitrée)
                • polymère osamine / acide uronique
          • Flemming découvertes peptidoglycane
            • 1922 : Lyzozyme
            • 1928 : Pénicilline
        • Disacharides
          • Dégradation acide
            • Hcl 1M + 60°
          • Dégradation enzymatique
            • Substrat +
            • Glycosidase
              • Saccharase
              • Lactase
              • Amylase
              • Maltase
      • Hétérosides
        • Glycolipides
        • Glycoprotéines
        • Lipopolysaccharide
    • Lipides
      • Structure des principaux lipides
        • Acides gras
          • Saturés (AGS)
            • À savoir !
              • Acide palmitique
                • CH3-(CH2)14-COOH (huile de palme)
                • C16 : 0
              • Acide stéarique
                • CH3-(CH2)16-COOH
                • C18 : 0
            • CH3 – (CH2)x – COOH
              • CnH2nO2
              • acide n-[nC]-an-oïque
              • Cx:0
          • Insaturés (AGI)
            • À savoir !
              • Très répandu
                • Acide palmitoléique
                  • Cis-9-hexadécénoïque
                  • C16:1 (9)
                  • ω7
                • Acide oléique
                  • cis-9-octadécénoïque
                  • C18:1 (9)
                  • ω9
              • Graines
                • Acide linoléique
                  • cis, cis-9-12-octadécadiénoïque
                  • C18:2 (9, 12)
                  • ω6
                • Acide linolénique
                  • tout cis-9-12-15-octadécatriénoïque
                  • C18:3 (9, 12, 15)
                  • ω3
              • Animaux
                • Acide arachidonique
                  • tout cis-5-8-11-14-icosatétraénoïque
                  • C20:4 (5, 8, 11, 14)
                  • ω6
            • CH3 – (CH2)x – CH = CH – (CH2)y – COOH
              • Cn H2n-2Δ O2
              • acide n-conf-p-[nC]-x-èn-oïque
              • Cx:Δ (p)
              • 4 séries : ω3, ω6, ω7 et ω9
          • Propriétés phy
            • Conformation (entre 2C)
              • 0.38 nm
                • Chaîne saturée
                • Liaison TRANS (insaturation)
              • 0.30 nm
                • Liaison CYS (insaturation)
                • /!\ Basculement de 30°
            • Point de fusion et fluidité
              • ↑ du nombre de carbones ⇒ ↑ interactions
                • ↑ du point de fusion ( ↓ de la fluidité)
              • ↑ du nombre de doubles liaisons ⇒ désorganisation
                • ↓ du point de fusion ( ↑ de la fluidité)
                • Pouvoir + important
            • Ionisation (pka = 4.75)
            • Estérification / amidation
            • Sels d'acides gras avec NaOH (savons, molec. Amphiphile )
            • Indice d'iode
              • Fixation de I2 sur les insaturations
              • Indice d’iode Ii = g d’I2 fixée/100g de lipide
            • Hydrogénation des doubles liaisons
              • Huile --> Margarine
            • Oxydation
              • Chimique (auto-oxydation)
              • UV
              • Biologique => oxygénase
        • Lipides vrais
          • Lipides simples
            • Glycérides (=acylglycérol)
              • = Ester de gycérol
              • Exemples
                • Monoglycéride
                  • 1- palmitoylglycérol
                • Diglycéride mixte
                  • 1-palmitoyl, 2-oléylglycérol
                • Triglycéride homogène
                  • Trioléylglycérol (=trioléine)
              • Propriétés chimiques
                • Assimilation des graisses dans l'intestin grâce aux lipases
                • Saponification
                  • Indice de saponification IS = mg KOH/1g de lipide
              • Prop. Biologiques
                • Triglycérides
                  • 2x plus NRJ que glucides car PEU HYDRATé
                    • Homme TG = 100 000 kcal (~ 11 kg)
                  • > isolant thermique
                  • > flottabilité (cachalot)
            • Cérides
              • = Ester d'alcool gras
              • blanc de baleine est constitué à 92% > le palmitate de cétyle 
              • cire d'abeille
            • Stérides
              • = Ester de stérol
              • palmitate de cholestéryle
                • Cholestérol (rigidifie membranes)
              • composants essentiels des membranes
              • fonction hormonale
          • Lipides complexes
            • Constituant des membranes
            • Glycérolipides
              • Glycérophospholipides
                • 1 glycérol
                • 1 phosphate
                • 2 AG
                • 1 alcool
                  • L'alcool estérifie le phosphate : liaison phosphoester
                  • À savoir !
                    • phosphatidyléthanolamine (PE)
                      • charge globale neutre à pH neutre
                    • phosphatidylglycérol (PG)
                      • charge globale négative (phospholipides acides)
                    • phosphatidylsérine (PS)
                      • charge globale négative (phospholipides acides)
                    • phosphatidylcholine (PC)
                      • charge globale neutre
                    • phosphatidylinositol (PI)
                      • phospholipides du feuillet interne des membranes
                      • rôle important dans la signalisation cellulaire
                      • charge globale négative (phospholipides acides)
                • Propriétés
                  • groupement phosphoryl négatif, pKa ≈ 1-2
                  • Ionisés à pH sanguin (7,35 – 7,45)
                  • tensioactives
                  • membranes lipidiques
              • Glycéroglycolipides
                • 1 glycérol
                • 2 AG
                • 1 partie osidique
            • Sphingolipides
              • Sphingophospholipides
                • sphingosine + acide gras = céramide
                • Sphingomyéline > céramide + choline
              • Sphingoglycolipides
                • > céramide + ose
                • Exemples
                  • lactosylcéramide
                  • Gangliosides avec acide sialique
                  • groupes sanguins ABO
      • Structure des lipides dans l'eau
        • Molécules amphipathiques
          • Tête hydrophile
          • Queue hydrophobe
          • Caractère +/- marqué
        • Monocouches
        • Émulsions grâce aux tentioactifs
          • Micelles
        • Les micelles
          • indispensables à la manipulation des protéines membranaires
        • Bicouches lipidiques
          • interactions hydrophobes
          • 2 feuillets lipidiques => une bicouche
          • lamelles peuvent se replier sur elles-mêmes ⇒ liposomes
      • Les membranes biologiques
        • barrière de perméabilité
          • Eau Milieu exterieur
          • Imperméable pour la plupart des molécules chargées
        • pores permettant le passage des ions
          • Uniport
          • Cotransport
            • Symport
            • Antiport
        • épaisseur de la bicouche : 6 à 10 nm
        • constituants principaux : lipides et protéines
        • glucides liés : glycoprotéines glycolipides
        • grande variabilité dans la composition des membranes
        • Membrane asymétrique
        • Protéines de la membrane
          • Périphériques
          • intégrales ou transmembranaires
        • modèle de la mosaïque fluide
          • Migration latérale
          • Flip-flop
        • Fluidité membranaire
          • rigidification :
            • cholestérol (+sphingomyéline), lipides saturés, basse T°
          • fluidification :
            • insaturations, haute T°
          • propriété biologique importante
            • interactions entre les protéines membranaires
            • fusion et bourgeonnement de la membrane
            • endocytose, exocytose de vésicules intra- et extra-cellulaires
      • Extraction, purification et caractérisation
        • Difference de polarité et de solubilité
          • méthode de Folch
          • Chromatographie d'adsoption
        • chromatographie en couche mince
        • chromatographie en phase gazeuse
    • Acides nucléiques
      • Acide désoxyribonucléique (ADN)
        • Composants
          • NucléoTide
            • NucléoSide
              • Base purique ou Pyrimidique
                • Support de l'info. Génétique
              • Désoxyribose
            • Groupement phosphate
        • Règles de Chargaff
          • 1 – la composition en bases de l’ADN varie d’une espèce à l’autre
          • 2 – dans un individu, la composition en bases varie pas d’un tissu à un autre
          • 3 – au sein d’une espèce donnée, composition en bases ne varie ni avec l’âge, ni avec la nutrition, ni avec les modifications de l’environnement
          • 4 – [A] = [T] [C] = [G] [A] + [G] = [T] + [C] = 50%
        • Structure hélicoïdale
          • Watson & Crick 1953
          • structure en double hélice
            • un tour d’hélice = 360º = 34 Å
            • un tour = 10 paires de bases
            • Diamètre hélice = 20 Å
          • Paires de bases purique/pyrimidique
            • A = T (2 liaisons H)
            • G ≡ C (3 liaisons H)
        • Dénaturation/Fusion
          • effet hyperchrome (260nm)
          • température de fusion (Tm) => 50% de l’ADN est dénaturé
          • température de fusion ↑ avec la teneur en G/C
          • A/T 1er à fondre (fusion)
          • Hybridation si T° baisse
        • Compaction
          • Génome Homme =3 200 000 000 Pb (~1m)
          • Histones
            • ADN + octamère d’histones ⇒ particule nucléoprotéique = nucléosome
        • Réplication
          • Semi conservative
            • Meselson & Stahl (1958)
          • ~ 20 protéines participent à la réplication
          • ADN polymérase
            • la formation de la liaison phosphodiester
          • Amorce 3’-OH libre
          • nouveaux brins synthétisés du 5’ → 3’ (=élongation)
      • Acides ribonucléiques (ARNs)
        • Structure
          • Ribose
          • Uracile <= Thymine
          • Monobrin
          • Parfois tige-boucle
        • Qtt & localisation
          • 5 à 10 fois plus d’ARN que d’ADN dans cellule
          • 86% sont cytoplasmiques
        • différents types
          • ARN messagers (ARNm) : transfert d’information de l’ADN
            • responsables de la synthèse protéique
            • code pour une ou plusieurs protéines
            • lecture par codon
            • s’associent aux ribosomes
            • durée de vie courte
          • ARN ribosomiques (ARNr) : constituants du ribosome
            • Ribosomes nécessaires à la traduction lecture
            • Ribosomes = complexes riboprotéiques (ARNr + une dizaine protéines)
            • 3 ARNr chez les procaryotes 4 ARNr chez les eucaryotes
          • ARN de transfert (ARNt) : fixent les aa et les transportent sur le ribosome
            • impliqués dans la traduction
            • Se fixe sur ribosome
            • Décodage AA
          • ARN génomiques : portent l’information génétique (rétrovirus)
        • Transcription
          • synthèse d’ARN messager à partir de l’ADN
          • l’ARN synthétisé par ARN polymérase
          • l’ARNm est synthétisé du 5’ vers le 3’
          • Épissage (eucariotes)
            • zones codantes : exons
            • zones non-codantes : introns
        • Traduction
          • Implication des ribosomes (ARNt et ARNr)
          • Protéines constituée des AA décodés
        • Le code génétique
          • Universel
          • Redondant
          • 1 codon start
            • Défini le cadre de lecture
            • Met (AUG)
          • 3 codon stop
            • UAA
            • UAG
            • UGA
      • Dérivés phosphorilés
        • rôle fondamental dans le métabolisme / régulation cellulaire
        • ATP, ADP, AMPc
      • Mutations
      • Méthodes d'études
        • nucléases (coupent liaisons phosphodiesters des acides nucléiques)
          • exonucléases
          • endonucléases dont les enzymes de restriction
        • Séquencage: méthode Sanger
    • Protéines
    • Biomolécules
    • L'eau dans l'organisme
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